Lancé à la poursuite de Gretchen et de Whistler, Michael qui cherche à se venger, apprend alors une incroyable nouvelle... Sara serait peut-être en vie !
Peu de temps après, Michael, LIncoln et d'autres sont arrêtés chacun de leur côté. On leur propose alors une offre qu'ils ne peuvent refuser. C'est un agent de la sécurité intérieure qui négocie avec eux.
Pendant ce temps, Mahone apprend de très mauvaises nouvelles relatives à sa famille tandis que T-Bag est à nouveau libre...
Épisode 4x02 : Breaking and Entering (Evasion et Entrée)
Michael, Lincoln, Fernando, Bellick, Mahone et Sara sont tous réunis afin de détruire une fois pour toute la compagnie.
Ils sont à la recherche de Scylla, une carte sensée contenir toutes les informations utiles sur les agents de la Compagnie.
A cet fin, ils sont aidés de l'agent Self qui coordonne les opérations et les fournit en matériel et autres besoins.
T-Bag erre dans le désert après s'être fait agresser...
Wyatt est sur les traces des frères alors que Gretchen a disparu.
Le groupe trouve la maison de Tuxhorn lequel détiendrait la fameuse carte Scylla...
4x03 : Shut Down (Fermeture, arrêt)
Michael n'a qu'un jour pour retrouver le propriétaire de la carte.
Mahone, déterminé à prendre sa revanche est prêt à tout...
T-Bag se dégotte une nouvelle identité... et trouve aussi un travail !
Wyatt est sur une piste sérieuse pour localiser Sara...
4x04 : Eagles and Angels (Aigles et Anges)
Le groupe est sur la piste d'un nouveau détenteur de carte Scylla qui les conduit jusqu'au Consul de Turquie.
Sara apprend une triste nouvelle... et se rend dans un bar.
L'agent Wyatt, toujours sur ses traces, est arrivé à Los Angeles.
T-Bag fait ses premiers pas à l'agence Gate sous sa nouvelle identité...

